《吾乃母亲》故事发生在人类已经灭亡之后，有一个称为母亲的机器人将生命重新构造，让人类回到地球上，成为新一代的人类，创造出第1个少女，这个少女一直与母亲有着密切的联系。突然一个陌生人受了伤来到地球，导致少女与母亲的关系发生改变，主要是母亲告诉少女世界以外的事情都不真实，让少女觉得母亲有其他的意图。其实是在人类灭绝之前科学家已经提前预测出人类迟早会灭亡，提前创建基地，存放大量人类的胚胎，这些胚胎是由AI机器人管理，只要人类灭亡，程序会自动开启，机器人会成为他们所有人的母亲，重新养育人类，直到人类越来越多，随着人类灭绝过去38年，机器人终于培养出第1个人类。机器人会告诉人类外界所有的事情，直到少女怀疑外界并不像机器人所说的这样，想要走出这个基地，看看外面的世界。